
На рассвете 22 июня 1941 года первые бомбы и снаряды начали падать на Брестскую крепость. Находившийся в это время на месте своей службы, майор Пëтр Гаврилов принял командование обороной Кобринского укрепления у Северных ворот. Под его командованием находились бойцы из 333-го и 125-го стрелкового полка. В общей сумме около 400 человек. Причем в их распоряжении находилось два зенитных орудия, несколько противотанковых 45 мм орудий, и зенитная установка из четырёх скрещённых пулемëтов “Максим”.

По воспоминаниям выживших бойцов майор Гаврилов являлся примером мужества и героизма которые он проявлял в боях за Кобринское укрепление.
“27 июня немецкий комдив узнал от перебежчика, что восточный форт защищают почти 400 красноармейцев с достаточным запасом боеприпасов и продовольствия, утолявшими жажду водой из вырытых ям. С ними находились женщины и дети” 29 июня Брестская крепость подверглась мощнейшей бомбардировке. На восточный форт, где держали оборону бойцы Петра Гаврилова упала бомба весом в 1,8 тонну. Предположительно она уничтожила склад боеприпасов. После того, как 29 июня 1941 года пала централизованная оборона крепости, Гаврилов вместе с 12 бойцами ушли в катакомбы.

“Немецкие танки в Брестской крепости”
До 23 июля 1941 года он вместе с последними выжившими продолжал сражаться с фашистами. Но 23 июля Пëтр Михайлович Гаврилов после перестрелки попал в немецкий плен.
“Командующий войсками в Генерал-губернаторстве (Iа): из журнала боевых действий № 1”
“О перестрелке у Северных ворот и пленении командира”
“23.07.1941 В середине дня 23.07 команда по уборке [территории] подверглась обстрелу из каземата у Северных ворот, стреляли оставшиеся блокированные [в каземате] враги. Ранено 5 человек. Во время последовавшего за этим событием прочесывания крепости ранен ещё один солдат. В плен взят 1 русский старший лейтенант.”
24.07.1941
“[…] В результате прочёсывания крепости Брест-Литовска на наличие оставшихся в живых врагов были найдены только 7 погибших русских”
Лечивший его в немецком плену врач Воронович описывал состояние Петра Михайловича так:
«…пленный майор был в полной командирской форме, но вся одежда его превратилась в лохмотья, лицо было покрыто пороховой копотью и пылью и обросло бородой. Он был ранен, находился в бессознательном состоянии и выглядел истощённым до крайности. Это был в полном смысле слова скелет, обтянутый кожей. До какой степени дошло истощение, можно было судить по тому, что пленный не мог даже сделать глотательного движения: у него не хватало на это сил, и врачам пришлось применить искусственное питание, чтобы спасти ему жизнь. Но немецкие солдаты, которые взяли его в плен и привезли в лагерь, рассказали врачам, что этот человек, в чьём теле уже едва-едва теплилась жизнь, всего час тому назад, когда они застигли его в одном из казематов крепости, в одиночку принял с ними бой, бросал гранаты, стрелял из пистолета и убил и ранил нескольких гитлеровцев».
— Смирнов С. С. Брестская крепость, 1965
До 1945 года Пëтр Михайлович Гаврилов находился в немецком концентрационном лагере Хаммельбург и Раввенсбрюк.